Cô bé Hoàng Dung thấy Châu Bá Thông tính tình thích nô đùa như trẻ con nên thường giấu cha đến chơi với ông. Một lần phát hiện được, Hoàng Dược Sư nổi giận mắng mỏ con gái thậm tệ. Hoàng Dung giận cha bỏ vào đất liền. Hoàng Dược Sư đành đi tìm, trên đường đi gặp không ít rắc rối với nhóm Giang Nam Thất Quái vì thủ lĩnh nhóm là Kha Trấn Ác có mối thù với Mai Siêu Phong, đệ tử của Hoàng Dược Sư. Trong một lần đến Ngưu Gia thôn, ông đã giải cứu Mai Siêu Phong (khi đó đang bị Toàn Chân thất tử vây đánh). Âu Dương Phong khi đó cũng xuất hiện, đánh lén một chưởng vào Hoàng Dược Sư. Mai Siêu Phong đã đỡ đòn cho Hoàng Dược Sư nên chết, và được sư phụ tha thứ mọi tội lỗi. Sau đó, ông lại gặp và nhận nuôi cô con gái của Khúc Linh Phong làm đệ tử rồi đưa cô về đảo Đào Hoa. Một lần khác, Hoàng Dược Sư đã bị Kha Trấn Ác và Toàn Chân thất tử vây đánh vì bị nghi oan đã giết 5 người trong nhóm Giang Nam thất quái và Đàm Xứ Đoan, một đại đệ tử Toàn Chân giáo.

Khi Hoàng Dung muốn cưới Quách Tĩnh, Hoàng Dược Sư rất không vừa ý vì cho rằng chàng vừa không có trí thông minh, bản lĩnh mà dung mạo cũng kém Âu Dương Khắc (con trai Âu Dương Phong – người tới đảo Đào Hoa dạm hỏi cưới Hoàng Dung nhưng không thành) nhiều phần nhưng cuối cùng ông cũng đồng ý khi nhận ra được những điểm tốt của chàng.

Sau khi Hoàng Dung kết hôn với Quách Tĩnh và chấp nhận làm quan ở Tương Dương, thường áp đặt lễ nghĩa, Hoàng Dược Sư rất chán ghét và luôn tránh mặt họ. Nếu Quách gia đón Kha Trấn Ác về sống cùng con cháu ở Đảo Đào Hoa thì Hoàng Dược Sư lại bỏ về đất liền, nếu Quách gia về đất liền thì Hoàng Dược Sư lại bỏ về Đảo Đào Hoa.